Standardní studium baltistiky je dvouoborové. Baltistický pro­gram je pojat tak, aby šel logicky spojit s co nejrůznějšími obory, filologickými (slavisti­ka, germanistika, nordistika atd.), historickými, politologickými, jazykovědnými, uměno­věd­ný­mi, národopisnými. Jednooborové studium baltistiky je též možné.

V prvním roce studia absolvují posluchači něko­lik proseminářů vykládajících metodologii a základní pojmový aparát jazykovědy, literár­ní vědy, historie a etnografie. Proseminář baltistický, pojatý jako přírodní i sociální země­pis, poskytuje výchozí orientaci v současném baltickém prostoru.

Jazykové kurzy jsou čtyř druhů: A – výklad systému jazyka (4 semestry), B – pro­cvičo­vání gramatiky a konverzace v daném jazyce (6 semestrů), C – četba a rozbor tex­tů (4 semestry), D – intensivní cvičení (6 semestrů). Tyto jazykové kurzy na sebe na­vazují, absolvování číselně „nižšího“ kurzu je podmínkou pro postup do kurzu „vyš­šího“, tzn. teprve po úspěšném ukončení kurzu A(1) může se student zapsat na kurz A(2), po ukončení kurzu A(2) může postoupit do A(3) atd. Totéž se týká kurzů B, C a D.  

Kulturně-historické kurzy sestávají z přednášek k dějinám a kultuře oblastí, do nichž lze skrze baltistiku vstoupit (prostor východních Slovanů; Litva, Polsko a Prusy; Lo­tyšs­ko a Estonsko; Finsko a Skandinávie). Vedle těchto kurzů mají poslu­chači povin­nost načíst (byť i v překladu) a podle pokynů zpracovat předepsané pensum beletrie vzta­hující se k oblastem a obdobím, jež se vykládají v přednáškách. Rozvržení těchto kultur­ně­-historických bloků v jednotlivých semestrech studia není (na rozdíl od kurzů jazykových) pevně stanoveno.

Z dvouoborového programu zůstává plně zacho­vá­na souběžnost studia jazykového a kulturně-historického. Zatímco dvouoborové baka­lářs­ké studium požaduje od posluchačů zvládnout jediný jazyk baltického prostoru (litev­šti­nu nebo finštinu), jednooborové studium požaduje zvládnout dva jazyky: student volí me­zi kombinacemi litevština+finština, litevština+estonština resp. finština+litevština, fin­ština+estonština. Výuka uvedených jazyků nezačíná zaráz: nosný se učí od prvního ročníku  po celé tři roky, druhý od druhého ročníku po zbývající dva roky. Zůstává tak uchováno roz­lišení dvou variant bakalářské baltistiky, finské a litevské, jež se otvírají střídavě ob rok. Z hlavního jazyka absolvuje student v plném rozsahu lingvistické kurzy A, B, C, D, z druhého – 4 semestry kurzů B a D.

Kulturně-historická složka uchovává tematické bloky dvouoborového studia (nej­star­ší dějiny baltického prostoru v evropských souvislostech, Litva a Polsko mezi Rus­kem a Pruskem a další) a přidává semestrální přehledové kurzy o vývoji a kulturních sou­vis­lostech relevantních jazyků baltické oblasti (baltských, fennougrických, slovanských, ger­mánských). Blok metodologických proseminářů (lingvistika, literární věda, historie, etnologie) je stejný jako u dvouoborového studia.