Základní rozvržení, paralelní studium jazyka a kulturně-historických souvislostí, je stejné jako v bakalářském stupni. Oproti bakalářskému studiu se však mění způsob práce: těžiště  již nespočívá v přednáškách, nýbrž v seminářích. Předpokládá se, že posluchači zvládli první jazyk baltické oblasti do té míry, že jsou schopni v něm soustavně číst. Nejen kurzy kulturně-historické, ale i kurzy lingvistické počítají vedle přednáškových výkladů též se semi­nární interpretací pramenů.

Navazující magisterský program rozvíjí znalosti prvního jazyka baltické oblasti (litevštiny, či finštiny), umožňuje pokračování ve studiu druhého jazyka nebo volbu dalších jazyků. Umožňuje profilaci filologicko-historickou nebo lingvistickou. Navazující magisterský stupeň vykládá jazyk z jiných pohledů a v jiných souvislostech (revize jazykového systému s celkovým nadhledem; historicko-vývojové souvislosti národního jazyka; sociálně-geograficko-politické postavení, rozšíření a rozvrstvení národního jazyka; tradice přemýšlení o národním jazyce) a soustavně rozvíjí překledatelskou zručnost.

Do navazujícího magisterského studia se lze zapsat po složení přijímací zkoušky. Ta bude odpuštěna uchazeči, který složil s výborným či velmi dobrým prospěchem bakalářskou zkoušku z baltistiky na FF MU. Zásadním kritériem pro přijetí je znalost litevštiny nebo finštiny na úrovni umožňující četbu literárních a odborných textů.