Na baltistice je možné studovat litevštinu a finštinu jako hlavní jazyky studia oboru. Tyto dva jazyky u nás také vyučujeme spolu s estonštinou, lotyštinou, maďarštinou, laponštinou a švédštinou jako volitelné předměty, které mohou navštěvovat i neoboroví studenti. Všechny zmíněné jazyky vyučujeme od úplného začátku a kurzy jsou většinou koncipované jako čtyřsemestrální. Praktickou výuku jazyků pojímáme především systematicky a doplňují ji také zahraniční pobyty na partnerských univerzitách v Litvě a ve Finsku. Studenti si mohou vybírat mezi semestrálními pobyty nebo kratšími letními školami. Pravidelně zveme významné odborníky ze zájmových oblastí.